PD Dr. Markus Gaubitz wurde 1960 in Münster geboren. 1985 erhielt er seine Approbation als Arzt. 1986 promovierte er bei Prof. Dr. F. Hilgenberg, Universitäts-Kinderklinik Münster. Die klinische Ausbildung begann er 1987 als Assistent der Inneren Abteilung des Clemens-Hospitals in Münster. Von 1989 bis 1994 war er Assistent in der Medizinischen Klinik und Poliklinik B der Westfälischen Wilhelms-Universität Münster. 1993 erlangte er die Gebietsbezeichnung zum Arzt für Innere Medizin.

Dr. Gaubitz absolvierte 1993 einen Forschungsaufenthalt in Tel Aviv, in der Research Unit of Autoimmun Diseases unter der Leitung von Professor Dr. Y. Shoenfeld. Er war von 1994 bis 1995 Research Fellow im Department of Immunology an der Duke University in North Carolina.

Nach seiner Ernennung zum Funktionsoberarzt für die Bereiche Rheumatologie/Klinische Immunologie in 1995, erlangte er in 1996 die Teilgebietsbezeichnung zum Rheumatologen. 1996 wurde er zum Oberarzt der Medizinischen Klinik und Poliklinik B der Westfälischen Wilhelms-Universität Münster ernannt.

Zusätzlich erlangte er in 1997 die Bezeichnung zum Sportmediziner.

Nach seiner Habilitation in 2001 wurde ihm die Anerkennung der Fachkunde Laboruntersuchungen in der Inneren Medizin zugesprochen.

Dr. Gaubitz ist neben seiner Funktion als Oberarzt auch Koordinator des Kooperativen Rheumazentrums Münster - Sendenhorst - Bad Bentheim.